1995年8月14日，南京侵华日军南京大屠杀史研究会成立，挂靠于侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆，是国内最早建立的南京大屠杀史研究的学术团体。由南京地区从事南京大屠杀以及相关问题研究的专家和社会工作者组成，为学术性、非营利性、地方性社会团体。研究会的主要宗旨是推进南京大屠杀以及日军暴行史等相关问题的研究，维护历史真相，开展爱国主义教育和国际和平友好交流活动，促进人类的和平与发展。研究会接受业务主管单位南京市社会科学界联合会和社团登记管理机关南京市民政局的指导和管理。2023年2月，召开第六届会员代表大会，产生了新一届理事会。现任会长为南京大学历史学院教授张生。

学会通讯地址：江苏省南京市建邺区水西门大街418号

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2023年2月7日，召开侵华日军南京大屠杀史研究会第六届会员大会。